这种方法是介于生物滤池和活性污泥法之间的一种生物膜法。在接触生物氧化池内设有填料，在填料表面附着着以生物膜形式存在的微生物，部分微生物以絮状存在，利用这些生物膜和充分共赢的氧气对废水中的有机物进行氧化分解，最终达到净化水质的效果。在可生化的条件下，该种方法具有高效节能、占地小、运行方便等特点。生物接触氧化法通常与传统消毒方法结合使用。如A/O二级强化生物接触氧化法-二氧化氯工艺等，在较大型医院的废水处理中，这些方法得到了广泛应用。
在医疗废水微生物处理中，膜生物反应器处理是一个非常常见的方法，膜生物反应器主要是把生物处理单元和膜分离单元结合起来的一种新型的水处理技术，在这个过程中，主要是用膜组件来代替传统的二沉池，这样能够实现固体和液体的有效分离，防止出现污泥膨胀、水质不稳定的情况。，膜生物反应器处理办法具有水处理效率高、防止二次污染、密封性强、占地少、成效快的特点，是当前医疗废水处理采用的主要方面。
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