医院污水的消毒方式很多，如液氯法、臭氧法、次氯酸钠法、二氧化氯法等。但常用的消毒方法是：氯化法它具有投配方便、价格低廉、可靠性高等优点，臭氧法用于医院污水消毒，可有效地杀灭大肠菌，小儿麻痹等病毒。而且不受废水中氨氮含量及pH值的影响
氯化法
氯化法处理根据投加氯化物的不同又分为液氯法和二氧化氯法。
液氯消毒以它消毒能力强、价格便宜广泛应用于自来水和医院污水消毒。液氯的含氯浓度高，有效氯含量达99%以上，比次氯酸钠溶液高5~10倍。但氯气是一种有刺激性气味的黄色有毒气体，必须有专用的贮存设备和加氯设备。典型的加氯设备有人工定时开启式加氯和自动提升加氯。但有关资料研究表明，液氯(Cl2)会与氨反应生成一氯胺、二氯胺及三氯胺而消耗液氯，也能形成有致癌作用的三卤甲烷(THM)，加上液氯的不完全性，所以液氯消毒受到限制。
二氧化氯(ClO2)在水中的溶解度是氯的5倍，其氧化能力是氯气的215倍左右，是一种强氧化剂。是国际上公认的含氯消毒中唯一的高效消毒剂。它可以杀灭一切微生物，包括细菌繁殖体、细胞芽孢、真菌、分枝杆菌和病毒等。它能有效地破坏水中的微量有机污染物，如苯并芘蒽醌、氯仿、四氯化碳、酚、氯酚、氰化物、硫化氢及有机硫化物等。能很好地氧化水中一些还原状态的金属离子如Fe2+、Mn2+、Ni2+等。二氧化氯最大的优点在于与腐殖质及有机物反应几乎不产生发散性有机卤化物，不生成并抑制生成有致癌作用的三卤甲烷，也不与氨及氨基化合物反应。有医院废水需要处理的单位，也可以到污水宝项目服务平台咨询具备类似污水处理经验的企业。
臭氧法
根据臭氧发生量的大小，其制造成本也不一样。一般来讲，臭氧发生器价格比较贵。由于对医院污水的排放在GBJ48-83标准中明确医院排放的污水不得检出肠道致病菌和结核杆菌及总大肠菌群每升不得大于500个。或用氯化法消毒时，以接触时间和接触池出水中的余氯含量为标准。加之臭氧消毒价格较氯化法贵。
